L'ISSR all'Apollinare è un centro accademico della Pontificia Università della Santa Croce ed è stato eretto il 17 settembre 1986 dalla Congregazione per l’Educazione Cattolica. Il 10 ottobre 2006 la stessa Congregazione ha approvato i nuovi Statuti e il 14 novembre 2007 ha emanato il relativo decreto della nuova erezione.
L’Istituto è caratterizzato dalla metodologia del complex learning, che si distingue dalla cosiddetta didattica a distanza, perché propone le tradizionali forme dell’insegnamento di presenza (lezioni, elaborati scritti, esami orali) in una forma più flessibile, adatta a coloro che per ragioni geografiche, professionali, famigliari, ecc. sono impossibilitati a frequentare un Istituto presenziale.
L’Istituto promuove il Corso Superiore di Scienze Religiose, articolato secondo la struttura del 3+2, al termine del quale si consegue il titolo accademico di Laurea magistrale in Scienze Religiose, e altri corsi di formazione e di aggiornamento, come ad esempio il Corso "Amore, Famiglia, Educazione".