La metodologia del 'complex learning' adottata dall'ISSR all'Apollinare consente un ritmo di studio corrispondente alle effettive disponibilità di tempo e di applicazione intellettuale: comprende corsi intensivi di lezioni durante incontri annuali, lo studio personale a casa, con l'aiuto dei testi-base e delle relative guide didattiche, la consultazione con i tutors, la stesura di elaborati scritti e gli esami orali.

Se lo studente utilizza opportunamente il materiale didattico (libri, guide, ecc.) ed esegue con costanza i compiti proposti (esercizi di autovalutazione, elaborati scritti), può essere certo che progressivamente acquisirà un metodo personale di studio, utile per seguire i corsi e per affrontare successivamente la ricerca e l'approfondimento.

L'Istituto favorisce un frequente dialogo formativo tra studenti e docenti: un momento particolarmente importante di questo rapporto pedagogico è costituito dagli incontri annuali di lezioni. Le lezioni sono obbligatorie e si svolgono presso la sede dell'Istituto. Le date degli incontri sono indicate sul calendario accademico.

I testi-base costituiscono il principale punto di riferimento nello studio personale. Offrono una visione sistematica dell'oggetto delle diverse discipline curricolari, ne evidenziano gli aspetti di maggiore interesse e importanza, e avviano alla riflessione personale e all'approfondimento della ricerca.
Lo studio ordinato di questi testi è la base indispensabile per un apprendimento metodico e sicuro: la lettura di altri testi, sullo stesso argomento, risulterà fruttuosa solo dopo aver individuato e acquisito, attraverso i testi-base, le nozioni e le idee fondamentali di ogni disciplina.

Ogni testo-base è accompagnato da una guida didattica che indica i contenuti essenziali della disciplina da studiare e il programma di studio più adatto. In particolare vengono suggerite le diverse fasi in cui suddividere lo studio del testo-base. Inoltre propongono degli esercizi di autovalutazione che permettono di verificare se sono stati assimilati i contenuti essenziali proposti dal testo.

Le esercitazioni scritte servono per imparare ad esprimere con ordine e chiarezza quanto è stato studiato e per migliorare le proprie capacità di sintesi personale, seguendo i consigli e le valutazioni dei docenti.
Sulle guide didattiche o nella traccia assegnata per lo svolgimento delle diverse esercitazioni si indica anche la bibliografia complementare con cui confrontare i testi-base di studio.

A ogni studente viene assegnato un docente con il ruolo di tutor, al quale lo studente può rivolgersi per risolvere dubbi o difficoltà riguardanti lo studio, specialmente per quanto riguarda l'aspetto organizzativo o metodologico, giacché per quanto si riferisce agli aspetti contenutistici è bene rivolgersi al docente della corrispondente materia.
L'assistenza tutoriale non deve essere considerata alla stregua di una funzione di consiglio (lasciata all'iniziativa dello studente) ma istituzionale (il tutor e lo studente sono tenuti all'incontro periodico). Pertanto, oltre alle richieste di ogni studente, lo stesso docente-tutor promuoverà un contatto periodico e programmato con lo studente.

Gli esami orali rappresentano l'ultimo atto del processo di apprendimento: in questo senso docenti e studenti possono valorizzare questo incontro, che mira a verificare l'assimilazione personale dei contenuti propri di ogni materia.