La Universidad Pontificia de la Santa Cruz responde al deseo de San Josemaría Escrivá, fundador del Opus Dei, de crear en Roma un centro de estudios universitarios que realizase un amplio y profundo trabajo de investigación y formación en el campo de las ciencias eclesiásticas. Con su oración y paciente trabajo, puso las bases de la actual Universidad de la Santa Cruz.
En 1984, su sucesor S.E.R. Mons. Álvaro del Portillo, con la aprobación de Juan Pablo II, inaguró el Centro Accademico Romano della Santa Croce. Esta institución, gracias también al apoyo de las facultades eclesiásticas de la Universidad de Navarra, estaba destinada a ser un centro de estudios e investigación, centrado en la formación teológica, filosófica y canónica.
Numerosos Obispos de todo el mundo envían a sacerdotes y seminaristas de las respectivas diócesis, con la esperanza de procurarles una profunda formación científica y espiritual. Roma pasa a ser, de esta manera, el punto de unión que permite reforzar la fidelidad y la cohesión de la Sede Apostólica.
La Universidad Pontificia de la Santa Cruz está actualmente constituida por cuatro facultades: Teología, Filosofía, Derecho Canónico y Comunicación Social Institucional, además del Instituto Superior de Ciencias Religiosas del Apollinare. La sede académica se encuentra en el Palacio de San Apollinare de Roma, mientras que el centro de investigación y la Biblioteca se localizan en la Via dei Farnesi.
Entre la mayores herencias espirituales recibidas de San Josemaría Escrivá, está sin duda la exhortación a una profunda unidad de vida. Esta no se manifiesta solo en una debida coherencia entre palabra y obra, sino también en la armonía existente entre la formación profesional e intelectual por una parte y la formación espiritual y teológica por otra.
La Universidad está llamada a establecer un diálogo con la cultura contemporánea. Por su propia naturaleza de centro de formación eclesiástico, acoge en su seno una enorme diversidad de culturas unidas en el interés por ahondar en la inteligibilidad de la Revelación. Las actividades académicas, organizadas con un espíritu interdisciplinar, están abiertas a estudiosos e intelectuales del ámbito económico, científico, filosófico y político, creando los elementos necesarios para un verdadero diálogo de la fe con el mundo.