Gli studi del secondo ciclo hanno la durata di tre anni accademici, al termine dei quali si consegue il titolo di Licenza in Diritto Canonico, previo il superamento della relativa prova di grado.

Le materie trattate seguono una formula stabile – e non ciclica –, in modo da permettere agli studenti di ricevere nel primo anno la formazione fondamentale, per poi approfondire negli anni successivi le diverse branche del sapere canonico.

Per una preparazione più consona allo svolgimento dei futuri compiti pastorali (giudici, cancellieri di curia, avvocati, difensori del vincolo), il secondo e terzo anno di Licenza prevedono corsi opzionali – sia pratici che teorici –, impartiti, oltre che da docenti della Facoltà, da Giudici della Rota Romana o di altri tribunali ecclesiastici, da Officiali della Curia Romana e da Avvocati Rotali.