La Specializzazione in Storia della Chiesa, per studenti che abbiano compiuto gli studi sessennali di filosofia-teologia, è orientata a preparare i professori che devono insegnare le discipline storiche nel ciclo istituzionale (Storia della Chiesa, Patrologia e Archeologia Cristiana), e che devono rispondere alle diverse esigenze ecclesiali di ambito storico (cura degli archivi, studi locali sui santi, ricerca sulla storia delle diocesi). La specializzazione ha una durata di due anni e include la stesura di una tesi.
Il Dipartimento offre diversi Master in Storia della Chiesa, per coloro che abbiano un titolo universitario in materie umanistiche. I Master offerti sono i seguenti: