La Facoltà è impegnata attualmente nei seguenti progetti di ricerca:

Science, Theology and the Ontological Quest (STOQ)
In collaborazione con le altre Università pontificie romane, il progetto STOQ cerca di sviluppare un dialogo fruttuoso tra la scienza e la fede attraverso programmi di studio e di ricerca.
Negli ultimi anni il progetto si è soffermato sulla questione di Dio nella razionalità contemporanea e sul rapporto tra neuroscienze e la filosofia.

Markets, Culture and Ethics (MCE)
Realizzato in collaborazione con la Facoltà di Filosofia, si propone di richiamare l’attenzione sull’etica e l’economia, promuovendone uno studio approfondito in una prospettiva interdisciplinare. Lo scopo è di sviluppare l’insegnamento della dottrina sociale della Chiesa, attraverso un programma educativo e culturale che coinvolga il mondo dell’impresa e della finanza.

Philosophica
Enciclopedia filosofica on-line in spagnolo, promossa da alcuni docenti della Facoltà. Costituisce un Dynamic Reference Work, che offre in maniera costantemente aggiornata informazione seria ed accessibile sullo status quaestionis dei principali autori ed argomenti filosofici.
 

Premio Internazionale di Filosofia Antonio Jannone
Creato da Mons. A. Jannone (Lauro di Nola,1906 – Roma 2007), e affidato nel 2001 alla Facoltà di Filosofia della Pontificia Università della Santa Croce, il Premio Jannone viene concesso ogni tre anni, come riconoscimento ai meriti accademici nell'ambito del pensiero classico.