Il Corso Superiore di Scienze Religiose offre una visione sistematica del mistero della salvezza attraverso le discipline obbligatorie, le discipline di indirizzo, i seminari, ecc. Consta di 300 crediti ECTS (60 ogni anno) ed è articolato secondo la struttura del 3+2.
L’Istituto è caratterizzato da una peculiare metodologia didattica, che propone le tradizionali forme dell’insegnamento di presenza (lezioni frontali, elaborati scritti, esami orali) in una forma flessibile, adatta a coloro che per ragioni geografiche, professionali, famigliari, ecc. sono impossibilitati a frequentare un Istituto presenziale.
Ogni annualità del Corso Superiore di Scienze Religiose prevede 200 ore di lezioni frontali obbligatorie, distribuite lungo l’anno in sei cicli intensivi, per un totale di 24 giorni di lezione.
Le lezioni e gli esami orali si svolgono nella sede dell’Università. A ogni studente viene assegnato un docente con il ruolo di tutor, con il compito di aiutare lo studente a risolvere dubbi o difficoltà riguardanti lo studio, specialmente per quanto riguarda l'aspetto organizzativo o metodologico.
Nel ciclo triennale (I ciclo) si affrontano tutte le discipline teologiche e filosofiche fondamentali.
Al termine di questo ciclo si può conseguire la Laurea in Scienze Religiose (Baccalaureato in Scienze Religiose);
Il biennio specialistico (II ciclo) abilita a un impegno ecclesiale più qualificato. Attualmente sono attivati due indirizzi: "Pedagogico Didattico" e "Religione & Società". Al termine di questo ciclo si può conseguire la Laurea magistrale in Scienze Religiose (Licenza in Scienze Religiose).
Nell'a.a. 2011/2012 è stato attivato un Master biennale di I livello in "Religione & Società" che usufruisce della stessa struttura dell'omonimo indirizzo del biennio specialistico e a cui possono essere ammessi coloro che sono in possesso di un diploma universitario civile (od ecclesiastico) della durata almeno triennale.